「台北市南港生技產業聚落開發計畫BOT案」，為柯市長上任後第2件招商完成之BOT案，且為全國首件聚焦生醫產業發展的BOT案，由台北市長柯文哲與民間投資人世康開發股份有限公司於2018年4月30日正式簽約，預計2022年中可興建完成啟動營運。2018年7月25日由副市長林欽榮率市府產業局、都發局、都更中心、工務局新工處，與民間投資人-世康開發(股)有限公司視察南港生技產業聚落BOT案基地-忠孝營區原址。
 
南港生技聚落BOT案基地位於南港區忠孝東路七段南側，包含原國防部軍備局工程營產中心所在之忠孝營區基地與現由南港區中南里打造為中南快樂農場之746號土地，基地總面積達1.5公頃，土地使用分區為生技產業專用區及特定商業區。林欽榮表示，本案不僅是台北市東區門戶計畫的亮點建設，也是行政院「生醫產業創新推動方案-南港新藥研發聚落」生態系中重要的一環，計畫戰略地位優越，除可串連中研院、國家生技研究園區等豐沛研發能量，結合現有內科、南軟產業群聚效應外，鄰近南港車站三鐵共構交通樞紐位置，將可快速對接外縣市生技園區發展能量。
 
本案由世正開發(股)公司領銜的世康開發(股)公司投資、興建及營運，世正開發(股)公司具有開發南港軟體工業園區及打造南軟二期F棟生技大樓的成功經驗，了解生技產業現況需求及現有園區功能缺口，足具推動本案的量能，藉由公部門與民間機構合作，將可讓原舊有軍營基地翻轉為台灣生技產業創新引擎，補足生技企業對於空間量體的需求，滿足生技企業於台北市研發、試量產的期待。
 
世康開發(股)公司表示，將投資約50億元打造南港生技產業聚落，規劃設置5,000坪以上生醫創新育成中心，以優惠租金方案提供生技新創、小型企業育成空間，挹注技術研發、營運管理、商機拓展等專業資源外，另規劃設置超過12,000坪之生技產業空間，引進技術研發中後期或規模較為成熟之生技企業，提供辦公室、研發實驗室及小型適量產等功能空間。本案契約期間共計50年，預估可創造逾3,100名就業機會及逾500億元的生技產業年產值，而整體政府財務收益至少達68億元。
 
林欽榮另表示，本案對面即為南港轉運站東側商業區公辦都更案策略基地，未來藉由兩基地間空橋設置，讓生技產業商務展會需求得以於該案規劃設置之會展空間快速滿足。此外，為因應鄰近中研院國家生技研究園區2018年4月啟用所衍生周邊交通議題，市長相當重視，指示由市府主政辦理國家生技研究園區聯外隧道工程，並納入東區門戶計畫，目前工務局新工處積極辦理可行性評估及先期規劃，預計隧道路線最快可於2018年年底定案，隧道完工後將可有效解決交通瓶頸。透過台北市南港生技產業聚落BOT案、南港轉運站東側商業區公辦都更案及國家生技研究園區隧道工程的對接，將打造南港成為產業廊帶驅動核心，帶動南港區升級發展。

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